Jednou z nejčastějších příčin dlouhodobého průjmu je tzv. dráždivý tračník, což je onemocnění charakterizované poruchami vyprazdňování (průjmem nebo zácpou), často doprovázené bolestmi v břiše, ale bez přítomnosti organického onemocnění.
Mezi další příčiny chronického průjmu patří:- rakovina tlustého střeva a konečníku
- divertikulitida (zánět výchlipky tlustého střeva)
- celiakie (alergie na lepek)
- idiopatické střevní záněty – např. ulcerózní kolitida nebo Crohnova nemoc
- špatné vstřebávání potravin – např.. chronická onemocnění slinivky břišní
- hormonální změny – např. cukrovka nebo zvýšená činnost štítné žlázy
- dlouhodobě probíhající střevní infekce (paraziti)
- stavy po závažnější operaci žaludku, střeva nebo žlučníku, omezení plochy střeva pro vstřebávání, např. operací (odnětí části střeva) nebo při zánětu
- některé léky, včetně antibiotik, léků obsahujících hořčík, léků proti překyselení žaludku, léků upravujících vysoký tlak, léků užívaných při kloubních zánětech a projímadla