Léky s dezinfekčním účinkem, antibiotika či chemoterapeutika podle dnešních poznatků není třeba podávat, není-li k tomu zcela jasný důvod, jako například u dětí s poruchou imunity, těžce probíhající onemocnění, kdy hrozí postižení jiných orgánů, u kojenců do 4. měsíců věku při bakteriálním původu onemocnění apod. Stejně tak nemá opodstatnění podávání léků tlumících činnost střeva.
Lze použít léky zklidňující střevní sliznici, které na sebe vážou viry a bakterie a jejich toxické odpadní produkty. Mezi vhodné produkty patří pro děti například živočišné uhlí, to však barví stolici do černa, a může tak překrýt příznak krvácení do zažívacího traktu. Optimálním lékem na průjem u dětí je SMECTA, která účinně pomáhá při průjmech všech typů a navíc chrání střevní sliznici a téměř nemá nežádoucí účinky (pouze přecitlivělost na účinnou látku). Dále je vhodné použít přípravků, které příznivě ovlivňují poničenou střevní mikroflóru, a urychlují tak léčbu (např. Lactobacillus).